上期我们介绍了FCC-高熵合金晶格原子无序理论模拟中的建模思路以及程序实现。 在这篇文章中，我们将对上期贴出的脚本进行详细解释，以便读者能够更深入地了解程序的运行过程。 下面对方案实现过程进行详细解读和分析：
units metal #定义单位制为金属
ppp #定义所有三个方向为周期性边界条件
#定义原子类型为
0.001 #设置时间步长为1 fs
# 构建模型
fcc 3.56 #定义fcc晶格常数
box block 0 10 0 10 0 10 #定义模拟盒子大小
5 box #定义模拟盒子最多可以包含5种原子
#定义脚本循环的开始标签为loop
aloop 1000 #定义跟踪循环变量a的数量从1到1000
log log.$a #定义记录的标准输出文件的文件名以次数结尾
1 box #现在在模拟框中，将晶格原子替换为第一类原子Fe
set type 1 type/ratio 2 0.2 7603 #将1/5的Fe原子替换为第二种原子Ni
set type 1 type/ratio 3 0.5 7603 #将1/2的Fe原子替换为第三种原子Cr
set type 1 type/ratio 4 0.5 7603 #用第四种原子Co替换1/2的Fe原子
set type 3 type/ratio 5 0.5 7603 #将1/2的Cr原子替换为第五种原子Cu
#注意set是顺序运算的，所以Ni、Cr、Co、Cu各占1/5
# 设置原子质量
质量 1 55.8 #Fe
质量 2 58.7 #Ni
质量 3 52 #Cr
质量 4 59 #Co
质量 5 63 #Cu
#设置势函数
eam/alloy #选择eam合金潜力
* * -with-ZBL.eam.合金 Fe Ni Cr Co Cu
#选择文献[1]提供的Fe Ni Cr Co Cu势函数
cg #选择共轭梯度法优化模拟框的结构
1.0e-6 1.0e-7 10000 10000
#能量和力的容差分别为1.0e-6和1.0e-7，最大迭代次数为10000步
run 0 #开始计算
sd ##使用快速下降法优化模拟盒子的结构
1.0e-6 1.0e-7 10000 10000
运行0
CG
1.0e-6 1.0e-7 10000 10000
运行0
$a.data #写出针对第th个循环的结构优化的模型
group ALL type 1 2 3 4 5 #将模拟框中的原型设置为group ALL
group ALL #删除模拟框中所有原子
shell ./mseed.sh #跟随下一轮建模计算出的随机数
next a #跳到下一轮计算的后续变量a
跳入循环
# 跳转到.in循环文件中的标签循环开始下一轮计算
在上面的脚本中，需要注意的是命令“set type 1 type/ratio 2 0.2 7603”的结果与随机数7603有关。这个命令生成的随机数是相同的，所以我们生成模型需要提前更改随机数。 我们改变的方式是通过外部shell脚本mseed.sh。 调用命令为shell ./mseed.sh。 mseed.sh中的内容如下：
#!/bin/bash
一个=$
sed -i "13c 设置类型 1 类型/比率 2 0.2 $a" .in
sed -i "14c 设置类型 1 类型/比率 3 0.5 $a" .in
sed -i "15c 设置类型 1 类型/比率 4 0.5 $a" .in
sed -i "16c 设置类型 3 类型/比率 5 0.5 $a" .in
在这个脚本中，该变量是Linux shell中的一个特殊变量。 每次取值时，都会任意取0-32767之间的任意整数，并且在同一个shell进程中不会重复取值，直到全部取完为止。 接下来的四行使用sed命令随机修改.in文件，以保证.in脚本循环运行时生成的结构不同。
最后，提交任务时，只需要将.in、mseed.sh、-with-ZBL.eam.alloy放入任务文件夹中，用PBS脚本提交即可。 其中-with-ZBL.eam.alloy是eam势函数文件，来自OR等人的文章。 [1]，并且潜在文件可以直接从互联网下载[2]。
下一篇我们将继续介绍脚本运行后的后处理，筛选出结构最稳定的FCC-高熵合金。
[1] OR、RC、FJ、A. Caro、D. 和 EM (2021)，“高合金中的：”，Acta，213，。
[2]潜在文件下载网站：
